核酸适配体的高通量测序
核酸适配体因类似抗体的功能并且具备诸多优于抗体的特点而引起人们的广泛关注,近些年为提高筛选(SELEX)效率及核酸适配体性能,除了有一些新的高通量筛选方法出现,在针对传统的适配体筛选的不同环节,均有研究尝试进行了改进和优化。其中,测序环节用高通量测序替代克隆测序,大大缩短了筛选周期,提高了筛选的成功率。
常规的核酸适配体筛选通常要进行十几轮之后再进行克隆测序,不仅耗时耗力,且传统的测序通量很低,通常得到的适配体不一定是最佳的。随着计算机技术和生物信息学的迅猛发展,借助高通量测序技术,我们可以获得筛选过程中得到的每一轮次级文库的序列信息,通过生物信息学分析,我们可以降低筛选轮次,并得到更丰富的序列信息,通过每一轮文库的序列信息快速评估序列富集程度,高效的筛选出更优的适配体。
高通量测序
高通量测序(High-Throughput Sequencing)又名下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS),是相对于传统的桑格测序(Sanger Sequencing)而言的。以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序以其高输出量与高解析度的特性,不仅为我们提供了丰富的遗传学信息,而且使得测序的费用和时间大大缩短。
你的筛选真的失败了?
很多从事核酸适配体筛选的实验室依然饱受失败的困扰。其实,筛选失败有两种情况,有时是真的失败,但是有时候可能是“假”失败,而我们却“真”的放弃了,这是非常遗憾的事情。如何避免这种悲剧发生,高通量测序或许能够挽救你于水火之中。如果你筛选多轮之后,仍看不到明显的亲和力。这有多种可能。一是的确失败了;二是亲和力测试方法问题;三是复杂文库影响了高亲和力aptamer的表现。也就是说,如果只是单克隆序列,亲和力可能很好,但将它放在一堆复杂的序列pool中,也许就会束缚住了手脚一样,无法展示真实的面目。所以,当你筛选若干轮之后,看不到明显亲和力,做一下高通量测序,分析一下序列信息,或许能挽救你的实验。
高通量测序帮助我们打开筛选的黑箱
做筛选是寂寞又痛苦的一件事。有时候筛选多轮,仍看不到是希望,到底放弃还是继续是非常难以取舍的事。有时富集的文库似乎有结合,但是根据克隆测序后的结果却没有挑选出亲和力较高的aptamer,此时,建议可以尝试一下高通量测序,然后对测序结果进行分析。通常会有意外发现。可以找国内很多测序公司进行测序(一般高通量测序公司不愿意测序适配体样品,因为片段太小,会影响其它样品的数据质量),如果需要帮助,可以留言评论。也可以联系我们(微信:aptamerHF;邮箱:aptamers@163.com)。
做筛选,找aptamy
昂普拓迈(Aptamy)致力于推动核酸适配体产业的发展,提供筛选周边产品,筛选服务,筛选培训。已经为来自全国的多个高校科研团队提供数百个科研产品及解决方案。